Der Vorstand führt den Verband. Er legt die Verbandspolitik fest, leitet die Verbandsgeschäfte und hat die Aufsicht über die Geschäftsstelle. Er tagte im Berichtsjahr viermal.

Die Geschäftsführerkonferenz setzt sich aus dem Präsidenten von Bauenschweiz, den Geschäftsführer:innen der Stammgruppen und der Direktorin von Bauenschweiz zusammen. Sie tagte 2025 viermal.

Die Geschäftsstelle besorgt unter der Leitung der Direktion die laufenden Geschäfte, ist Anlaufstelle in allen Verbandsangelegenheiten und führt die ihr von den Organen übertragenen Aufgaben aus.